Les auteurs s'accordent à faire dériver ce nom du prénom latin Bonifatius, forme augurale du Bas-Empire romain composée de bonus (« bon ») et de fatum (« destin, sort »), avec le sens de « qu'il ait un bon destin, une bonne fortune ». Par étymologie populaire, la forme la plus répandue, Bonifacio, fut réinterprétée comme « celui qui fait le bien », en l'associant à facere (« faire »). Sa diffusion est liée au culte chrétien, en particulier à saint Boniface martyr (14 mai) et à saint Boniface pape (25 mai).

E. De Felice et A. Bongioanni signalent que la forme populaire vénète est Bonfà, dont dérivent des variantes comme Bonfádio, Bonfadini, Fadini, Fadelli, Bonifatti et Fattini. De la terminaison -facio proviennent Facini, Faccini, Faccioli et Facciolati ; de -fazio, Fazi et Fazio. Les deux auteurs indiquent que le nom est fréquent dans le nord de l'Italie et sporadique dans le centre-sud.

F. Miranda précise que le nom est présent dans quelque 360 communes de presque toutes les régions italiennes, parmi lesquelles le Piémont, la Campanie, la Sicile, la Lombardie, le Frioul-Vénétie Julienne, la Vénétie et le Latium. En Sicile, il apparaît dans toutes les provinces, avec des zones de plus forte concentration dans les aires de Catane, Agrigente, Messine et Enna.

La source Surnames in Italy enregistre en outre des variantes comme Bonifazi, typique des Marches, de l'Ombrie et du Latium ; Bonifazio, présente dans des zones de Turin, Savona, Crotone et en Sicile ; Bonifacino, fréquente à Savona ; et Bonifacich, forme d'influence slave attestée en Dalmatie. P. Lastrico confirme que Bonifazio et Bonifacio dérivent directement ou à travers des formes dialectales du prénom latin Bonifatius. S. Dedòla suggère qu'en Sardaigne le nom pourrait aussi se rattacher au toponyme des bouches de Bonifacio, qui relient l'île à la Corse.