Selon A. Bongioanni, Benigno dérive du prénom latin Benignus, dont le sens est « bienveillant », « bon » ou « de bon caractère ». Il s'agit d'un ancien prénom répandu dans la tradition chrétienne grâce au culte de plusieurs saints, en particulier saint Bénigne de Dijon, martyr vénéré en Bourgogne.

Le nom naquit à partir de ce prénom et appartient au vaste groupe des noms patronymiques formés à partir du prénom d'un ancêtre. Sa diffusion en Italie fut favorisée par la tradition religieuse et par l'usage continu du prénom Benigno tout au long du Moyen Âge.

Bongioanni signale en outre que certaines formes régionales apparentées, comme le nom piémontais Balegno, pourraient se rattacher à la forme dialectale de San Benigno Canavese. Il mentionne aussi des hypothèses qui relient certains toponymes semblables au dieu celte Bélénos, tout en considérant que ces interprétations ne disposent pas de preuves documentaires suffisantes.

Dans l'ensemble, Benigno est un nom d'origine patronymique dérivé d'un ancien prénom latin qui exprime une qualité positive de bonté et de bienveillance.