Les auteurs s'accordent à faire dériver ce nom du prénom latin Benignus, qui signifie « bénin, bienveillant, bon », attesté comme cognomen à l'époque impériale avant de devenir un prénom autonome puis un nom de famille.

E. De Felice signale que le nom est répandu de façon sporadique dans toute l'Italie, avec une plus forte présence en Sicile.

E. Rossoni précise que la forme Benigni est caractéristique de la bande centrale de l'Italie, avec une présence en Toscane, dans les Marches et dans le Latium, et des zones de concentration également dans le Trentin, la zone de Bergame et celle de Gênes. La forme Benigno, en revanche, apparaît répartie dans le nord et le sud de l'Italie. Rossoni atteste en outre des traces du nom dans les Fragmenta historiae pisanae de 1278, et évoque la figure de saint Bénigne, disciple de saint Patrick, comme référent du prénom de base.