Les auteurs s'accordent à faire dériver ce nom de famille du toponyme Messine, ville du nord-est de la Sicile, ce qui indique le lieu de provenance des premiers porteurs. F. Miranda précise l'origine historique du nom : l'antique cité grecque appelée Messenion ou Messene, ainsi dénommée en l'honneur de la Messénie, patrie d'Anaxilas, tyran de Reggio qui la conquit en 491 av. J.-C. G. P. Holmes ajoute que le terme grec messene, latinisé en Messana, signifiait « courbe, faucille » et, par extension, « bande de terre en forme de faucille », en référence à la géographie du détroit.

E. De Felice signale que du même toponyme dérivent les variantes Messinése, Messinèo et Missinèo, ces dernières propres aux zones calabraises de langue grecque, où le suffixe -èo provient du grec -àios. Il indique en outre que la forme Messinèo peut dériver aussi du toponyme homonyme de la province de Palerme.

E. Rossoni et Miranda s'accordent à signaler qu'une partie de la diffusion du nom est liée à des familles d'origine juive. Après le décret de 1492 qui obligea les juifs à quitter les territoires de la Couronne espagnole — qui comprenaient la Sicile — ou à se convertir au catholicisme, de nombreuses familles hébraïques adoptèrent des noms de villes commerçantes comme Messine ou Gênes pour rester dans l'île sans être identifiées.

Le nom est présent dans toute l'Italie, avec une forte concentration en Sicile et des noyaux notables en Lombardie, en Campanie, dans le Piémont, dans le Latium et en Calabre.