Les auteurs s'accordent à considérer que ce nom de famille est propre à la zone de Milan et à son aire d'influence, et qu'il dérive de termes en rapport avec le commerce : le latin mercator (« marchand »), qui évolua vers des formes médiévales comme mercadore ou mercante. Au XVIe siècle, le terme avait donné la forme mersator, antécédent des variantes dialectales postérieures, et le nom est fréquent dans la région de la Brianza et les zones voisines.

E. Rossoni précise que la fixation comme nom de famille peut se suivre vers 1600 à Milan, et mentionne comme figure notable le comte palatin et sénateur Desiderio Merzagora, mort le 3 mars 1646. La source Surnames in Italy, pour sa part, situe des membres de ces familles dès des documents du XIVe siècle à Milan, et évoque un Desiderio Merzagori comme capitaine du bourg de Monza au XVIe siècle.