E. De Felice signale que ce nom de famille dérive du prénom Mercurio, assez répandu au Moyen Âge grâce au culte de plusieurs saints qui le portèrent. Ce prénom prolonge le nomen latin Mercurius, emprunté au dieu du commerce, protecteur des inventeurs et des messagers. Du point de vue étymologique, il fut rattaché par étymologie populaire aux termes latins merx mercis (« marchandise ») et mercari (« commercer »), quoique De Felice tienne pour probable une origine étrusque.

P. Durante, en revanche, propose une origine grecque à partir d'un nom propre, sans apporter davantage de précisions.