Les auteurs divergent sur l'étymologie. E. Rossoni propose que le nom dériverait d'un surnom d'origine grecque formé de l'union de kalos, « bonne », et de fatis, « renommée », ce qui indiquerait que le fondateur de la lignée était un personnage de bonne réputation dans sa communauté. Il n'écarte cependant pas que dans certains cas il puisse dériver du métier de calfat.

V. Blunda penche directement pour cette seconde hypothèse : selon lui, le nom procède du grec calafàtes, qui désigne l'artisan qui calfate les joints des embarcations avec de l'étoupe et du brai, et il aurait fonctionné comme surnom de métier appliqué à l'ancêtre voué au travail naval.

Quant à la répartition géographique, Rossoni atteste la forme Calafato dans la zone de Palerme, la zone de Trapani — plus précisément Mazara del Vallo —, la zone d'Agrigente — Palma di Montichiaro, Ravanusa et Licata —, la zone de Caltanissetta — Riesi — et à Naples. Il enregistre en outre la variante Calafati dans la zone de Vibo Valentia, en particulier à Cessaniti, en Calabre.