Le nom Bombonato et ses variantes — comme Bombonati — sont propres à la Lombardie, avec une diffusion plus limitée dans les régions voisines. Selon E. De Felice, son origine se trouve dans le nom médiéval Bombonato, formé à partir de l'élément bon- (« bon ») et du prénom Bonato, dérivé à son tour de Bono. Il s'agit donc d'un prénom augural « redoublé » ou tautologique, qui renforce l'idée de bonté (« bon et bon »), probablement né à un moment où la conscience du sens originel de Bonato s'était déjà perdue.

Dans la même ligne, F. De Laurentiis confirme aussi bien la localisation lombarde du nom que sa base dans ce prénom médiéval composé. Il souligne également que Bono ou Bon était un prénom répandu chez les Lombards et les Francs, dérivé de l'adjectif vulgaire « bon », associé à des qualités de caractère et à des valeurs positives. Cette interprétation renforce le caractère augural du nom, qui exprime un souhait ou une qualité favorable chez celui qui le portait.

Pour sa part, E. Rossoni propose une dérivation du nom médiéval Bonattus, renforcé par Bonus dans des formes comme Bonus Bonattus, attestées dans des textes médiévaux. Il apporte en outre des données sur sa répartition : Bombonati présente des noyaux dans la zone de Milan et dans l'aire de Rovigo, tandis que Bombonato se concentre entre Milan et Bergame, avec un autre foyer dans la province de Rovigo. Dans l'ensemble, les différentes interprétations s'accordent à signaler une origine médiévale liée à des prénoms de bon augure, avec une évolution linguistique qui renforce et multiplie leur signification positive.