Los autores coinciden en que este apellido deriva del nombre latino Benignus, que significa "benigno, benévolo, bueno", documentado como cognomen en época imperial antes de convertirse en nombre autónomo y luego en apellido.

E. De Felice señala que el apellido se encuentra difundido de manera esporádica en toda Italia, con mayor presencia en Sicilia.

E. Rossoni precisa que la forma Benigni es característica de la franja central de Italia, con presencia en Toscana, Marche y Lazio, y con zonas de concentración también en Trentino, la zona de Bergamo y la de Genova. La forma Benigno, en cambio, aparece distribuida en el norte y el sur de Italia. Rossoni documenta además rastros del apellido en los Fragmenta historiae pisanae de 1278, y evoca la figura de San Benigno, discípulo de San Patricio, como referente del nombre de base.