Les auteurs s'accordent à considérer qu'il s'agit d'un nom de famille d'origine toponymique, dérivé du lieu appelé Perego, dans la zone de Lecco (Lombardie). E. De Felice le situe de manière générale dans la haute Lombardie, en le rattachant à la province de Côme. E. Rossoni précise que sa présence se concentre dans les provinces de Milan, de Varèse, de Côme, de Lecco et de Bergame, et documente sa fixation comme nom de famille dès le XIIIe siècle, lorsque Leone da Perego fut archevêque de Milan entre 1241 et 1257. Rossoni enregistre aussi le notaire Erasmo Perego de Barzanò en 1524, et mentionne qu'en 1754 le sculpteur Giuseppe Perego fut chargé par la Fabrique du Dôme de Milan de créer la Madonnina qui couronne la flèche la plus haute de la cathédrale.

R. Brondolo propose une étymologie différente : le nom proviendrait, par rhotacisme — c'est-à-dire le changement d'une consonne en r —, du terme pelago, avec le sens de « bras de lac ». Brondolo ajoute en outre une présence du nom dans la zone de Tortona, dans le Piémont, ce qui suggère une origine indépendante possible dans cette région.