Les auteurs s'accordent à faire dériver ce nom de famille du latin paganus, terme qui, dans la Rome antique, désignait l'habitant de la campagne ou du village (pagus). Avec l'expansion du christianisme, le mot prit un second sens : celui de qui ne professait pas la foi chrétienne. Cette double acception — géographique et religieuse — explique qu'au Moyen Âge paganus fût employé tant comme surnom à valeur religieuse que comme appellatif appliqué à des peuples tenus pour extérieurs au monde chrétien.

F. Miranda signale que le nom et ses variantes (Pagana, Paganello, Paganelli, Paganetti, Paganetto, Pagani, Paganin, Paganini, Paganoni) n'excluent pas une dérivation toponymique à partir de l'un des nombreux toponymes à racine Pagan-, comme la localité de Pagani, dans la province de Salerne. Miranda indique aussi que le nom est assez répandu dans le sud de l'Italie, en particulier en Campanie, en Sicile et dans les Pouilles, avec des zones spécifiques dans les aires de Catane, de Messine, de Palerme, de l'Ennese et de Caltanissetta, outre une présence en Lombardie, dans le Latium, en Ligurie, dans le Piémont, en Toscane, en Calabre, en Émilie-Romagne et en Basilicate.

On considère que le nom est de caractère panitalien, avec une concentration historique dans le nord et le centre de l'Italie — Lombardie, Émilie-Romagne et Vénétie —, et que son usage comme nom de personne est attesté dès l'époque médiévale dans les registres notariaux et ecclésiastiques, sous des formes comme Paganellus ou de Pagano, avant de se consolider comme nom de famille héréditaire.