Les auteurs s'accordent à faire dériver ce nom de famille d'un toponyme : il se rattache à des localités comme Novate Milanese ou Novate Mezzola, dans la zone de Sondrio, toutes deux en Lombardie.

On considère que ces toponymes appartiennent à la catégorie des noms prédiaux, c'est-à-dire des noms qui renvoient à des propriétés ou des terrains en tant qu'objets de normes juridiques ou fiscales. La forme du latin du haut Moyen Âge praedialis dérive du latin praedium, qui désignait une propriété foncière. Selon cette perspective, la racine du toponyme Novate serait le cognomen latin Novus, la localité ayant donc été à l'origine la propriété de quelqu'un portant ce nom. Ce type de toponyme apparaît aussi dans le Piémont et dans le canton du Tessin.

E. Rossoni élargit les possibilités d'origine et indique que le nom pourrait dériver de même du nom latin Novatianus ou du bas latin Novatius, formes de personne dont le nom a pu aussi naître par voie directe. Rossoni signale en outre que le nom est propre à l'aire qui embrasse les zones de Milan, de Varèse et de Côme.