Les auteurs s'accordent à reconnaître à ce nom de famille une origine toponymique, dérivée de Merate, localité actuellement située dans la province de Lecco, dans la région de Lombardie. E. Rossoni signale que le toponyme renvoie à l'ancienne dénomination Melatum, avec le sens de « lieu de culture des pommes », culture répandue dans cette zone depuis des temps reculés. E. De Felice le classe comme un nom propre à la haute Lombardie, formé directement à partir de ce toponyme.

Rossoni apporte le témoignage documentaire le plus ancien de sa fixation comme nom de famille : une référence dans le Codice Diplomatico della Lombardia medievale, dans un document d'investiture de 1188 à Milan. Le nom est typique du nord de la province de Milan et est historiquement associé tant à cette ville qu'à la zone de la Brianza.

Pour sa part, on considère que la famille Merati fut présente à Milan et en Brianza dès une époque ancienne, avec des documents du XIIIe siècle qui la mentionnent dans des fonctions de représentation, de conseil et d'administration à Milan. Au XIVe siècle, la famille fit édifier une chapelle dans l'église du Saint-Sépulcre de cette ville.