E. Rossoni signale que ce nom de famille présente des souches d'origine indépendantes dans plusieurs régions d'Italie, avec des noyaux possibles dans la zone de Milan et dans celle de Ferrare, quoiqu'il estime que l'aire d'origine pourrait se situer dans le centre de l'Italie. Selon Rossoni, le nom dériverait d'un sobriquet lié au terme dialectal margutto — « nigaud, sot » —, attesté dans les Marches, en Ombrie et dans le Latium depuis le XVe siècle. Comme interprétation alternative, il propose une dérivation du français Margot.

F. De Laurentiis le tient pour une variante du nom Margotti.