Les auteurs s'accordent à considérer que ce nom de famille a pour base le sobriquet médiéval Malatesta, formé de mala (« mauvaise, méchante ») et de testa (« tête »), appliqué à l'origine à une personne entêtée, malicieuse ou perfide. E. De Felice et A. Bongioanni signalent qu'en 1186 est déjà attesté un Malatesta del Montefeltro, chef du célèbre lignage des seigneurs de Romagne et des Marches, et que le sobriquet passa d'abord au rang de prénom avant de se fixer comme nom de famille. Tous deux indiquent aussi que de cette même base dérivent les noms Testi et Testoni.

E. Rossoni apporte une donnée complémentaire : vers la fin du XIIIe siècle, Malatesta Ier fut seigneur de Rimini, inaugurant une dynastie. Selon une théorie accréditée que rapporte Rossoni, la famille descendrait d'un certain Rodolfo, du Xe siècle, surnommé Malatesta pour son obstination et pour le courage avec lequel il affronta aussi bien la faction papale que l'impériale.

Quant à sa répartition géographique, De Felice et Bongioanni le décrivent comme répandu du nord au sud de la péninsule italienne, avec une forte fréquence en Ligurie. Rossoni, pour sa part, signale une présence inégale dans toute l'Italie.