Les auteurs divergent quant à l'origine de ce nom de famille. E. Rossoni propose deux lignes d'interprétation : d'une part, une dérivation possible du nom d'origine littéraire Maelgut, attesté dans la Chanson de Roland ; d'autre part, une origine dans le sobriquet médiéval Malacutus, attesté principalement dans la basse plaine des zones de Modène et de Ferrare. De ce dernier dériverait la forme Malacut(u)lus, qui aurait donné naissance au nom Malaguzzi, prédominant dans la zone de Reggio Emilia. Rossoni situe le nom dans l'aire comprise entre Modène, Bologne et Ferrare, au sein de la région d'Émilie-Romagne.

F. De Laurentiis propose en revanche que la base du nom soit un sobriquet formé sur malagola, c'est-à-dire « mauvaise gorge » (du latin guttur), avec une allusion possible à quelque défaut physique ou d'élocution du porteur originel.

P. Canè offre une lecture de caractère plus descriptif : il suggère que Malaguti, comme d'autres noms commençant par mal-, pourrait répondre à l'habitude d'imposer des sobriquets de ton négatif ou moqueur, qui se fixèrent avec le temps comme noms de famille. Dans cette ligne, il interprète le nom comme « mal aigu », au sens de « peu intelligent ».