E. Rossoni signale que ce nom de famille est caractéristique de l'extrémité orientale des zones de Mantoue et de Vérone, ainsi que de l'aire de Ferrare. Il propose deux hypothèses étymologiques : la première le fait dériver d'un sobriquet fondé sur le terme dialectal malgaudio, au sens de « déplaisir » ; la seconde, qu'il juge plus probable, l'interprète comme une forme altérée de Malagoli, elle-même variante dialectale médiévale d'un diminutif du prénom Malachia, qui aurait évolué successivement en Malachiolo, Malacolo, Malagoli, jusqu'à parvenir aux formes actuelles Malagò et Malagodi. Cette dernière variante, très rare, serait propre à l'extrémité occidentale de la zone de Ferrare.

F. De Laurentiis propose en revanche une base dans le sobriquet malagode, qui désignerait des personnes insatisfaites, incapables d'apprécier les joies, ou bien celles qui se complaisent au mal d'autrui.