Les auteurs s'accordent à faire dériver ce nom de famille du prénom Giglio (et sa forme féminine Giglia), appartenant au groupe des prénoms formés à partir de fleurs à valeur symbolique : le lis, symbole de candeur et de pureté.

E. De Felice signale que les formes à z- initial reflètent l'adaptation propre à la Vénétie, où giglio adopte des variantes dialectales comme zégio, zéio et zéi. Il indique en outre que les variantes Giglia, De Giglio, Gigliano et Gigliuto sont propres au sud de l'Italie, tandis que les formes à z- sont spécifiques de la Vénétie.

E. Rossoni ajoute que Giglia pourrait dériver aussi du toponyme ancien Giglius, territoire romain de Libye, et que Gigli pourrait se rattacher également à l'un des nombreux toponymes italiens qui contiennent le terme giglio. Selon Rossoni, Giglia est originaire de la zone d'Agrigente ; Gigli est concentré dans le centre de l'Italie, en particulier dans les Marches et en Toscane ; et Giglio est répandu dans le Sud, avec une plus forte présence dans la zone de Calabre et en Sicile. Rossoni documente en outre que vers 1500 est enregistré un Aloigi Giglio originaire de Cirò, dans la zone de Calabre, signalé comme l'artisan principal du calendrier grégorien.