Les auteurs divergent sur l'origine de ce nom. E. Rossoni le fait dériver du cognomen latin Cato (Catonis), historiquement lié à la figure de Marcus Porcius Caton le Censeur, homme politique romain du IIe siècle av. J.-C. Selon Rossoni, sa transformation en nom de famille se serait réactivée à la fin du Moyen Âge grâce à la redécouverte littéraire de la figure de Caton le Jeune, personnage que Dante et Virgile rencontrent au début du Purgatoire dans la Divine Comédie. Du point de vue géographique, Rossoni situe la forme Catone sur la frange tyrrhénienne de la Campanie, et la variante Catoni en Toscane, avec une zone spécifique importante à Rome.

V. Blunda propose en revanche une étymologie grecque, en le faisant dériver de Catònes, prénom conservé dans la tradition onomastique byzantine. Selon Blunda, le nom serait entré dans l'onomastique régionale par la transmission de prénoms grecs depuis la période d'influence byzantine jusqu'à sa fixation comme nom de famille, et il l'atteste dans la Sicile orientale.