F. Miranda explique que le nom dérive du prénom médiéval Boninus, diminutif de Bonus, qui, dans le domaine des prénoms de bon augure, prend le sens de « bon », « d'un bon naturel » ou « vertueux ». Miranda signale aussi une seconde hypothèse qui le rattache à une racine celto-germanique bun, avec le sens de « propriétaire » ou « qui possède une maison ». Comme exemples de sa transformation en nom de famille, il mentionne l'auteur Boninus Mombritius au XIIIe siècle et le lettré Boninus de Boninis, actif dans la seconde moitié du XVe siècle à Verona.

G. P. Holmes, pour sa part, propose une étymologie différente : il considère le nom comme un diminutif du prénom médiéval Bona, forme féminine du même étymon latin.

Quant à sa répartition géographique, Miranda indique que le nom est peu fréquent et se trouve dispersé dans quelques régions d'Italie, avec une présence en Sicile — où il enregistre sa plus forte concentration, en particulier dans la zone de Catane, la zone de Messine et la zone d'Enna —, ainsi qu'en Lombardie, dans le Piémont, en Calabre, au Frioul-Vénétie Julienne et dans le Latium.