Le nom Agrati est d'origine clairement toponymique et se rattache à des localités du nord de l'Italie. Selon E. De Felice, il s'agit d'un nom de Lombardie, propre en particulier à la zone de Milan, formé à partir des toponymes Agrate Brianza (province de Milan) et Agrate Conturbia (province de Novara).

Dans la même ligne, E. Rossoni confirme cette interprétation, en signalant que le nom dérive de ces toponymes — le premier en Lombardie, le second dans le Piémont — et qu'il indiquait à l'origine le lieu de provenance du fondateur de la lignée.

Dans l'ensemble, les deux interprétations s'accordent à signaler une origine géographique précise, où le nom Agrati identifie des personnes provenant de localités appelées Agrate, suivant un schéma très courant dans la formation des noms de famille de l'Italie médiévale.